O nas

Kim jesteśmy 

Interdyscyplinarne Pomorskie Centrum Medycyny Cyfrowej (IP_CMC) jest pozawydziałową, samodzielną jednostką Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, powołaną do budowy i rozwoju kompetencji Uczelni w obszarze medycyny cyfrowej. 

Centrum powstało jako odpowiedź na potrzebę stworzenia trwałego zaplecza infrastrukturalnego, kadrowego i systemowego wspierającego badania naukowe prowadzone w GUMed oraz w kooperacji z Uniwersyteckim Centrum Klinicznym (UCK) i innymi jednostkami badawczymi w regionie i kraju.

Nasza misja

Głównym celem działania Centrum jest umożliwienie kontrolowanego i zgodnego z prawem przepływu danych medycznych — w tym danych badawczych, statystycznych i obrazowych — co wspiera rozwój profilaktyki oraz nowych metod diagnostyki i leczenia. 

Centrum realizuje bezpieczny, cyklicznie uruchamiany proces zasilania danymi, w którym pełne zbiory kliniczne pozostają w infrastrukturze podmiotu źródłowego, a do środowisk badawczych trafiają dane oczyszczone, wzbogacone, a przede wszystkim zanonimizowane. 

Podobnie jak europejskie instytucje badawcze, IP_CMC nie jest jednorazowym projektem, lecz stałym elementem ekosystemu naukowego Uczelni, obsługującym wiele zespołów i inicjatyw badawczych równolegle. 

Czym się zajmujemy

• Rozwój infrastruktury danych medycznych — hurtowni danych (Data Warehouse / Data Lake House) ustrukturyzowanych, obrazowych, sekwencyjnych i tekstowych wraz z niezbędną infrastrukturą teleinformatyczną 
• Ekstrakcja danych z systemów klinicznych — HIS (Clininet), PACS, LIS oraz urządzeń peryferyjnych — w standardach HL7 FHIR i OHDSI OMOP CDM 
• Integracja, przetwarzanie i anonimizacja danych medycznych na potrzeby badań naukowych, w tym niekomercyjnych badań klinicznych, z wykorzystaniem dedykowanego anonimizatora oraz potoku NLP/NER usuwającego dane osobowe z tekstów wolnych (opisów klinicznych) 
• Wsparcie rozwoju badaczy poprzez udostępnianie narzędzi, systemów informatycznych i kompetentnego personelu naukowo-technicznego 
• Współpraca z Biobankiem GUMed w zakresie gromadzenia, przechowywania i udostępniania próbek biologicznych oraz powiązanych danych klinicznych na potrzeby badań 
• Rozwój innowacyjnych metod wykorzystania danych klinicznych, w tym danych pielęgniarskich, we współpracy z ośrodkami badawczymi 
• Pozyskiwanie danych medycznych do badań od partnerów i jednostek klinicznych, przede wszystkim od UCK 
• Promocja nauki i publikacji naukowych powstających z wykorzystaniem infrastruktury Centrum 
• Prowadzenie projektów i inicjatyw naukowych finansowanych z różnych programów wspierania nauki i obszaru ochrony zdrowia 

Model infrastruktury

Centrum świadomie stosuje model hybrydowy, łączący własną infrastrukturę on-premise z rozwiązaniami chmurowymi. Wrażliwe dane kliniczne podlegają ograniczeniom prawnym dotyczącym miejsca przechowywania, dlatego pozostają w środowisku o pełnej kontroli. Rozwiązanie to optymalizuje koszty i pozwala uniknąć uzależnienia od pojedynczego dostawcy usług informatycznych.

Dla kogo działamy

Z zasobów i kompetencji Centrum korzystają zespoły badawcze GUMed oraz partnerskie instytucje naukowe realizujące projekty w obszarze medycyny cyfrowej, genomiki, bioinformatyki i analizy danych klinicznych. Prace koncentrują się na priorytetowych obszarach badawczych Uczelni: onkologii, kardiologii oraz genetyce i biologii molekularnej. Centrum zwiększa efektywność i jakość prowadzonych badań naukowych, w tym poprzez ułatwienie dostępu do zaawansowanej infrastruktury przetwarzania danych bez konieczności budowania jej indywidualnie przez każdy zespół badaczy.

Standardy i bezpieczeństwo

Działanie Centrum opiera się na uznanych standardach jakości, interoperacyjności i bezpieczeństwa danych: 

• FAIR oraz HL7 FHIR — jakość i interoperacyjność danych medycznych 
• RODO oraz wytyczne EDPB — ochrona danych osobowych, anonimizacja i pseudonimizacja 
• ISO/IEC 27001 — system zarządzania bezpieczeństwem informacji 
• PN-EN ISO 20387 oraz Standard Jakości dla Biobanków Polskich 2.0 — jakość i bezpieczeństwo w Centralnym Biobanku GUMed 

Przykładowe projekty

Infrastruktura Centrum umożliwia realizację innowacyjnych projektów o wysokim potencjale wdrożeniowym, między innymi: 

• CARLOTA — automatyczna detekcja zmian chorobowych w niskodawkowej tomografii komputerowej klatki piersiowej (przesiew raka płuca) 
• Wirtualny Patolog — analiza i segmentacja obrazów preparatów tkankowych, m.in. ocena wskaźnika TILS 
• AI-DiagNOSe — wczesne wykrywanie sepsy i niewydolności oddechowej u noworodków na oddziale intensywnej terapii 
• Cyfrowy bliźniak onkologiczny — sygnatury radiogenomiczne wspierające personalizację radioterapii onkologicznej 
• AMBU-PRO — optymalizacja zarządzania wizytami w poradniach ambulatoryjnych 
• DiSCharge-PRO — wsparcie decyzji o właściwym momencie wypisu pacjenta chirurgicznego 
• TAVRisk – ocena ryzyka powikłań po zabiegu przezcewnikowej wymiany zastawki aortalnej (TAVR) 
• DiagMol — kontrola jakości w diagnostyce molekularnej opartej o sekwencjonowanie NGS 

Nasza strategia rozwoju

Celem strategicznym IP_CMC jest systematyczne zwiększanie liczby i jakości realizowanych badań naukowych w GUMed, ze szczególnym uwzględnieniem niekomercyjnych badań klinicznych oraz poprawy efektywności procesów badawczych. Centrum aktywnie współpracuje w ramach międzynarodowych konsorcjów badawczych, takich jak EuCanImage, RadioVal i EUCAIM. Wzorem europejskich centrów badawczych, które łączą misję naukową z konkretnymi wskaźnikami wpływu na system ochrony zdrowia, Centrum planuje rozwój w kierunku pełnoprawnego węzła danych medycznych w skali regionalnej i krajowej, otwartego na współpracę z kolejnymi jednostkami badawczymi i klinicznymi.

Podobne centra medycyny cyfrowej na świecie 

• Inserm we Francji 
• Biomedical Data Science Center przy CHUV w Szwajcarii 
• IDIBELL w Hiszpanii 
• BBMRI-ERIC 
• Health-RI w Holandii 
• UK Biobank w Wielkiej Brytanii 

1. Zarządzanie danymi badawczymi 

• Projektowanie i utrzymanie hurtowni danych (Data Warehouse / Data Lake House) dla danych klinicznych, obrazowych i omicznych 
• Nadawanie identyfikatorów trwałych (PID) i standaryzacja metadanych zgodnie z zasadami FAIR i HL7 FHIR 
• Zarządzanie cyklem życia danych badawczych — od zbierania, przez przechowywanie, po archiwizację 
• Bezpieczne przesyłanie dużych plików i zbiorów danych między instytucjami 

2. Anonimizacja i ochrona danych 

• Anonimizacja i pseudonimizacja danych medycznych zgodnie z RODO i wytycznymi EDPB 
• Automatyczne usuwanie danych osobowych z tekstów wolnych (opisów klinicznych) z wykorzystaniem NLP/NER 
• Generowanie danych syntetycznych do celów badawczych i testowych 
• Wsparcie prawne i etyczne w zakresie zgód, dokumentacji oraz kontaktu z komisjami bioetycznymi 
• Kodowanie próbek i zachowanie poufności danych powiązanych z materiałem biologicznym 

3. Wsparcie analityczne i AI 

• Analiza danych wielomodalnych (dane kliniczne, obrazowe, sekwencyjne) przy użyciu AI i uczenia maszynowego 
• Budowa narzędzi wspierających decyzje kliniczne na bazie sztucznej inteligencji 
• Automatyczna ekstrakcja zmiennych i klasyfikacja tekstów medycznych (NLP) 
• Analizy typu genome-wide association, RNA sequencing, single-cell sequencing 
• Wsparcie metodologiczne i statystyczne dla projektów badawczych oraz wniosków grantowych 

4. Współpraca z biobankiem 

• Pobieranie, izolacja i przechowywanie materiału biologicznego (krew, tkanki, płyny biologiczne) 
• Ekstrakcja DNA/RNA oraz przygotowanie próbek do dalszych analiz, w tym sekwencjonowania genomowego (WGS) 
• Monitorowanie warunków przechowywania i zapewnienie identyfikowalności próbek 
• Tworzenie i zarządzanie nowymi kolekcjami próbek na potrzeby konkretnych projektów badawczych 
• Krajowa i międzynarodowa wysyłka próbek oraz wymiana danych z innymi biobankami na podstawie umów MTA i DTA 

5. Katalogowanie i udostępnianie zasobów

• Prowadzenie katalogu zbiorów danych, kohort i kolekcji biobankowych dostępnych dla badaczy 
• Portal zgłoszeniowy umożliwiający zamawianie próbek, obrazów i danych przez jedno okno kontaktowe 
• Integracja z międzynarodowymi katalogami i sieciami 

6. Rozwój badaczy i promocja nauki 

• Szkolenia i warsztaty z zakresu zarządzania danymi, narzędzi analitycznych i zasad etycznych 
• Doradztwo w zakresie wniosków grantowych i oceny wykonalności projektów danych 
• Wsparcie publikacyjne — repozytoria, bibliografia, promocja wyników badań 
• Udostępnianie infrastruktury obliczeniowej (cloud, storage) dla zespołów badawczych 

Dofinansowanie projektu

Dofinansowany ze środków Agencji Badań Medycznych w ramach konkursu nr ABM/2023/2 – Tworzenie i rozwój Regionalnych Centrów Medycyny Cyfrowej; nr umowy 2023/ABM/02/00018-00. Dofinansowano ze środków Budżetu Państwa od Agencji Badań Medycznych, w kwocie 24.115.735,22 zł.

Czas trwania: 5 lat

Interdyscyplinarne Pomorskie Centrum Medycyny Cyfrowej (IP_CMC) prowadzi projekt ABM, który ma na celu przygotowanie nowoczesnej infrastruktury cyfrowej w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym umożliwiającej bezpieczną wymianę i wykorzystanie dużych zasobów danych medycznych w celach naukowych i klinicznych

Projekt jest prowadzony przez konsorcjum, w skład którego wchodzą:

• Gdański Uniwersytet Medyczny (Lider): Odpowiada za integrację danych medycznych, budowę hurtowni danych oraz biostatystyczną obsługę badań klinicznych. 
• Uniwersyteckie Centrum Kliniczne w Gdańsku (UCK): Umożliwia dostęp do zanonimizowanych danych klinicznych i demograficznych pacjentów oraz próbek biologicznych. 
• Politechnika Śląska: Partner technologiczny zajmujący się modelami matematycznymi i algorytmami sztucznej inteligencji. 
• Uniwersytet Gdański: Partner technologiczny wspierający tworzenie i rozwój algorytmów uczenia maszynowego. 

Inicjatywa została dofinansowana ze środków Agencji Badań Medycznych (ABM) w ramach konkursu na Tworzenie i rozwój Regionalnych Centrów Medycyny Cyfrowej w kwocie 24 115 735,22 zł